Wissenschaftlichen Mitarbeiterin*Datenanalyse​/Bioinformatik; m-w-d

Wissen schaffen. Seit 1502:
Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) bietet ein breites Spektrum an akademischen Fächern in den Bereichen Geistes- und Sozialwissenschaften, Naturwissenschaften und Medizin. Die älteste und größte Universität Sachsen-Anhalts entstand 1817 durch den Zusammenschluss der Universität Wittenberg (gegründet 1502) mit der Friedrichs-Universität Halle (gegründet 1694). Heute hat die Universität 340 Professoren und 20.000 Studenten. Die Forschungsschwerpunkte der Universität liegen in den Bereichen Nano- und Lebenswissenschaften, Aufklärung, Gesellschaft und Kultur.

An der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Medizinische Fakultät, Universitätsklinik und Poliklinik für Innere Medizin I, ist ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt die auf bis zu 3 Jahre befristete Stelle einer
* eines Wissenschaftlichen Mitarbeiters
* innen – Datenanalyse / Bioinformatik (m-w-d) in Vollzeit zu besetzen.

Die Vergütung erfolgt je nach Aufgabenübertragung und Erfüllung der persönlichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 13 TV-L.

Unsere Arbeitsgruppe verfolgt das Ziel, personalisierte Prävention, Diagnose und Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs durch die Analyse von Patientenproben (Pankreas, Fettgewebe, Blut) mittels Single-Cell- und Spatial-Transcriptomics zu verbessern. Diese hochdimensionalen Analysen werden durch funktionelle Studien mit ex vivo Organoid-, Primärzell- und in vivo Mausmodellen ergänzt. Die Arbeit ist in das Pankreaszentrum Halle, das DFG-geförderte GRK
2751 und das EFRE-mikro

Pank-Konsortium integriert. Unser Bioinformatik-Team betreut die gesamte Pipeline von der Datengenerierung bis zur klinischen Anwendung.

• Konzeption und Planung von Experimenten und Datenanalysen
• Analyse von Next Generation Sequencing (NGS)-, Einzelzellsequenzierungs (scRNA-seq / snRNA-seq) und räumlichen Transkriptomik (spatial transcriptomics) Daten
• Auswertung und Dokumentation der Forschungsergebnisse
• Schreiben von R- und / oder Python-Skripten
• Entwicklung und Optimierung von Analyse Workflows
• Etablierung neuer Daten-Analyse-Methoden
• Projektleitung
• Beteiligung an nationalen und internationalen Kooperationen
• Vorträge, Seminare
• Verfassen von begutachteten (peer reviewed) Publikationen und Anträgen
• Betreuung von Bachelor-, Master- und PhD Studierenden
• Mitwirkung an Workshops und Lehrveranstaltungen gemäß LVVO
• Möglichkeit zur eigenen wissenschaftlichen Qualifizierung ist gegeben – Habilitation

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom) in einem Fach der Biowissenschaften wie Bioinformatik, Biologie, Biochemie, Humanmedizin oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• Erfolgreich abgeschlossene Promotion (PhD, Dr. rer. nat., Dr. med. oder vergleichbar)
• Fortgeschrittene Kenntnisse in R und / oder Python
• Umfassende Kenntnisse und mehrjährige Erfahrungen in der Analyse von NGS-, scRNA-seq- und/oder räumlichen Transkriptomikdaten, mathematischer Modellierung dynamischer biologischer Prozesse und statistischer Analyse biomedizinischer Fragestellungen
• Sicherer Umgang mit Linux Umgebungen
• Mehrjährige Erfahrung in der Erforschung menschlicher Krankheiten, vorzugsweise Pankreaskrebs- und/oder Adipositas-Forschung
• Starkes Interesse an translationaler Krebsforschung
• Erfahrung bei der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen und Drittmittelanträge
• Erfahrung in der Lehre
• Sehr gute Deutschkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Sehr gute didaktische Fähigkeiten
• Analytisches und problemorientiertes Denken
• Strukturierte und sorgfältige Arbeitsweise
• Fähigkeit zur Arbeit in einem interdisziplinären Team

• Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Gruppen, Kliniker
  * innen in den Konsortien Incu Panc / mikro-Pank,
• Zugang zu…