Bioinformatiker ​/ Bioinformatikerin ​/ Research Software Engineer mit Verantwortung für die IT-I

Die Ludwig-Maximilians-Universität München ist eine der führenden Universitäten in Europa mit einer über 500-jährigen Tradition. Sie steht für anspruchsvolle akademische Ausbildung und herausragende Forschung.

Einrichtung Medizinische Fakultät - Biomedical Center (BMC) Vergütung TV-L Umfang Vollzeit (100%) Besetzungsdatum Zum nächstmöglichen Zeitpunkt (zunächst für zwei Jahre befristet mit der Möglichkeit einer Verlängerung)

Unsere Forschung bewegt sich an der Schnittstelle von Data Science, Computational Biology und Neuroepigenetik. Wir entwickeln neue computergestützte Methoden zur Integration und Analyse von Multi-Omics-Daten, um die molekularen Mechanismen zu untersuchen, die der Funktion von Gehirnzellen, dem Gehirnaltern und neurodegenerativen Erkrankungen zugrunde liegen. Wir legen großen Wert auf ein kooperatives, interdisziplinäres und innovatives Forschungsumfeld.

Wir bieten eine Postdoktorandenstelle für zunächst zwei Jahre mit der Möglichkeit einer Verlängerung.

Der wissenschaftliche Schwerpunkt der Stelle liegt auf der Entwicklung und Anwendung computergestützter Methoden zur Analyse und Integration von Next-Generation-Sequencing- sowie Single-Cell-Multi-Omics-Daten im Kontext der Neuroepigenetik.

Die erfolgreiche Kandidatin bzw. der erfolgreiche Kandidat wird an allen Phasen des Forschungsprozesses beteiligt sein – von der Projektplanung und Datenanalyse über die Entwicklung bioinformatischer Workflows und Software bis hin zur wissenschaftlichen Interpretation und Publikation der Ergebnisse.

Die Position umfasst darüber hinaus die laufende Wartung und den Support der Nutzern sowie die langfristige Planung und Weiterentwicklung unserer IT-Infrastruktur (Server, Speicherlösungen, Backup-Systeme und High-Performance-Computing-Ressourcen) für ein Forschungsinstitut, in dem große Mengen an Bildgebungs- und Sequenzierungsdaten erzeugt und analysiert werden.

Bioinformatiker / Bioinformatikerin / Research Software Engineer mit Verantwortung für die IT-Infrastruktur (m/w/d)

am Standort München

• Entwicklung und Pflege bioinformatischer Workflows zur Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten
• Entwicklung computergestützter Methoden zur Integration und Modellierung von Multi-Omics-Daten
• Fortgeschrittene explorative Analyse genomischer und epigenomischer Datensätze
• IT-Support für wissenschaftliche und administrative Nutzer und Nutzerinnen
• Planung und Optimierung der Computerinfrastruktur, einschließlich Servern, Speicher- und Backup-Systemen sowie High-Performance-Computing-Ressourcen
• Planung und Durchführung eigenständiger Forschungsprojekte an der Schnittstelle von Data Science, Computational Biology und Neuroepigenetik
• Mitwirkung an wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen

• Abgeschlossene Promotion in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik, Mathematik oder einem verwandten Fachgebiet
• Sehr gute Kenntnisse Linux-basierter Arbeitsumgebungen sowie Erfahrung mit High-Performance-Computing-Systemen
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen, z.
  
  B. Nextflow oder Snakemake
• Erfahrung mit NGS-Datenformaten, z.
  
  B. FASTQ, BAM und VCF, sowie mit bioinformatischen Analysetools
• Nachgewiesene Erfahrung in der explorativen Datenanalyse und der Interpretation komplexer biologischer Datensätze
• Sehr gute Programmierkenntnisse in Python und/oder R
• Erfahrung in der Systemadministration
• Hohes Maß an Eigeninitiative, Selbstständigkeit sowie ausgeprägte Kommunikations- und Teamfähigkeit
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift; gute Deutschkenntnisse

• Erfahrung in der Analyse von Single-Cell-Sequenzierungsdaten, einschließlich scRNA-seq und/oder scATAC-seq
• Erfahrung in der Analyse bulk-epigenomischer Daten, einschließlich WGBS, RRBS, ChIP-seq und/oder CUT&Tag

• Ein stimulierendes und kollegiales Forschungsumfeld innerhalb einer neu gegründeten Arbeitsgruppe
• Ein offenes Forschungsumfeld, das wissenschaftliche Eigenständigkeit und interdisziplinäre Zusammenarbeit fördert
• Die Möglichkeit, ein eigenständiges wissenschaftliches Profil an der Schnittstelle von Computational Biology,…