Doktorand:in in Molekularer Mikrobiologie, Genomik und Bioinformatik

Overview

Doktorand:in in Molekularer Mikrobiologie, Genomik und Bioinformatik 100 %
• Nimm am SNF-Projekt "FoodN'Feed" teil und leiste einen Beitrag zu Forschung im Bereich der mikrobiellen Symbiose und der Biodüngung, um die nachhaltige Produktion von Hülsenfrüchten in der Schweiz und Europa zu fördern.

Departement: Life Sciences und Facility Management
Arbeitsbeginn: 1.4.2026 für 48 Monate

Die Doktorandenstelle wird vollständig durch das SNF-Projekt "FoodN'Feed" finanziert. Der Doktorand:in forscht 48 Monate an der ZHAW unter Betreuung von Dr. Joël

F. Pothier und Dr. Claire Prigent-Combaret (F) mit Förderung durch Prof. Dr. Saskia Bindschedler (NE). Das Projekt steht im Zusammenhang mit COST-Aktionen CA22142 Root-Benefit und CA22158 Mi Crop Biomes . Ziel ist es, Umweltgenomik, Systembiologie und nachhaltige Landwirtschaft zu verbinden, um Nachhaltigkeit und Selbstversorgung der Schweizer und europäischen Agrar- und Ernährungssysteme zu verbessern, insbesondere durch Steigerung der Körnerleguminosenproduktion. Fokus der Forschung liegt auf symbiotischer Stickstofffixierung und pflanzenwachstumsfördernden (PGP) Mikroben in Sojabohnen, Ackerbohnen und Trockenerbsen.

Ratsam ist die Nutzung von Metabarcoding zur Untersuchung wurzelassoziierter mikrobieller Gemeinschaften und Long-Read-Sequenzierung zur Rekonstruktion von MAGs aus dem Metagenom der Knöllchen. Weitere Aufgaben umfassen Isolierung und Charakterisierung von Rhizobien- und PGP-Mikroben mittels MALDI-TOF-MS und Gesamtgenomsequenzierung. Geplant ist die Entwicklung lokal angepasster Biofertilizer-Konsortien (Syn Coms) und deren Bewertung von Ertrag und Krankheitsresistenz unter schweizerischen und europäischen agroklimatischen Bedingungen. Die Position bietet eine Schnittstelle zwischen molekularer Mikrobiologie, Genomik und nachhaltiger Landwirtschaft und zielt darauf ab, Auswirkungen des Klimawandels abzuschwächen.

Die Forschung kann zur Transformation der europäischen Proteinproduktion beitragen, Abhängigkeiten verringern und klimafreundliche Landwirtschaft fördern. Ziel ist eine nachhaltigere Zukunft durch Wissenschaft und Innovation.

Der Doktorand:in muss die Zulassungskriterien der Doktorandenschule für Biowissenschaften des Instituts für Biologie der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Neuenburg erfüllen. Die Forschungsergebnisse sollen Standards der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Neuenburg für eine erfolgreiche Doktorarbeit entsprechen. Die Vergütung richtet sich nach den Richtlinien des Schweizerischen Nationalfonds (SNF).

• Durchführung von metabarcoding-Analysen zur Charakterisierung wurzelassoziierter mikrobieller Gemeinschaften.
• Anwendung von Long-Read-Sequenzierung zur Rekonstruktion von MAGs aus dem Knöllchenmetagenom.
• Isolierung und Charakterisierung von Rhizobien- und PGP-Mikroben (z.
  
  B. mit MALDI-TOF-MS, Gesamtgenomsequenzierung).
• Entwicklung lokaler Biofertilizer-Konsortien (Syn Coms) und Bewertung ihrer Auswirkungen auf Ertrag und Krankheitsresistenz.
• Zusammenarbeit mit internationalen Partnern, Verfassen wissenschaftlicher Ergebnisse und Präsentation in Fachzeitschriften, Konferenzen und Projektmeetings.

• Hervorragender Master-Abschluss in Bioinformatik, Biologie oder Genetik.
• Erste Erfahrungen in Mikrobiologie, Genetik oder Genomik; idealerweise Molekularbiologie (DNA/RNA-Isolierung, RT-PCR), NGS oder MALDI-TOF MS.
• Starkes Interesse an nachhaltiger Landwirtschaft, Pflanzen-Mikroben-Interaktionen und Mikrobiomforschung.
• Gute Kommunikationsfähigkeiten und Bereitschaft zur Zusammenarbeit in Kooperationsprojekten; Fähigkeit, Ergebnisse zu verfassen und zu präsentieren.
• Sehr gute Englischkenntnisse; gute Deutsch- und Französischkenntnisse sind von Vorteil.
• Verantwortungsbewusstsein, Eigeninitiative und die Fähigkeit, Ziele selbstständig zu erreichen und zum Team beizutragen.

Die Bewerbung sollte enthalten:
Motivationsschreiben, Lebenslauf (inkl. Veröffentlichungen/Auszeichnungen), zwei Referenzen mit Kontaktdaten, eine Forschungserklärung zu erwerbenden Fähigkeiten im FoodN'Feed-Projekt, Master-Diplom sowie Bachelor- und…