PhD Student Position In Deep Learning Enzyme Structure & Catalysis

Einleitung

Die UNIL ist eine führende internationale Lehr- und Forschungseinrichtung mit über 5.000 Mitarbeitenden und 17.000 Studierenden, verteilt auf den Campus Dorigny, das CHUV und Epalinges. Als Arbeitgeber fördert die UNIL Exzellenz, individuelle Anerkennung und Verantwortung.

unil.ch/arbeit

Wir suchen eine Doktorandin oder einen Doktoranden zur Entwicklung von Deep-Learning-Methoden zur Modellierung biomolekularer Interaktionen im Kontext der Katalyse. Protein-Ligand-Cofolding-Modelle zielen darauf ab, Proteinstrukturen und die Bindungspositionen kleiner Moleküle gemeinsam vorherzusagen. Die Enzymkatalyse stellt eine andere Herausforderung dar:
Molekulare Interaktionen müssen im Kontext der katalysierten chemischen Reaktion und der Dynamik der beteiligten Veränderungen verstanden werden. Das Projekt untersucht, wie Protein-Ligand-Cofolding-Ansätze erweitert werden können, um Enzyme und ihre Reaktionen besser zu modellieren, mit besonderem Interesse an Methoden, die über Enzymfamilien und chemische Transformationen generalisieren. Das Projekt kombiniert Deep Learning, Protein-Bioinformatik und groß angelegte Analysen von Proteinsequenzen, Strukturen und biochemischen Daten.

Es besteht die Möglichkeit, Modellentwicklung und
-bewertung, Repräsentationslernen sowie Anwendungen auf katalytische Funktionen und molekulares Design zu erforschen. Für einen Überblick über unsere Forschungsinteressen siehe pickybinders.org.

Beginn der Stelle:
Frühestens November 2026, nach Vereinbarung
Vertragsdauer: 1 Jahr, verlängerbar, maximal 5 Jahre
Beschäftigungsgrad: 100%
Arbeitsort:
Universität Lausanne, Campus Dorigny

Wir suchen

• Einen Masterabschluss in Informatik, Computational Biology, Bioinformatik, Machine Learning, Chemie, Biochemie oder einem verwandten Fach
• Gute Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python
• Interesse an Machine Learning und Proteinen
• Neugier auf die Beziehung zwischen molekularer Sequenz, Struktur und biochemischer Funktion
• Motivation, Forschungsansätze eigenständig zu entwickeln und zu verfolgen sowie neue Themen und Techniken zu erlernen.
• Erfahrungen mit Deep Learning, Strukturbiologie, Cheminformatik oder Protein‑Bioinformatik sind nützlich, aber nicht erforderlich. Wir erwarten nicht, dass Bewerbende bereits Expertise in allen diesen Bereichen besitzen.

Wir bieten einen angenehmen Arbeitsplatz in einem multikulturellen, vielfältigen und dynamischen akademischen Umfeld. Möglichkeiten zur beruflichen Weiterbildung, viele Aktivitäten und weitere Vorteile warten auf Sie.

unil.ch/arbeit

Prof. Janani Durairaj, E-Mail: janani.durairaj

Bewerbungsfrist: laufend

Die UNIL verpflichtet sich zu:

• Gleichstellung, Vielfalt und Inklusion innerhalb ihrer Gemeinschaft;
• Sicherstellung eines offenen und respektvollen Umfelds, das persönliche Entwicklung fördert;
• Angebot von Arbeitsbedingungen, die eine Work-Life-Balance ermöglichen;
• Unterstützung von Nachwuchsforschenden.

unil.ch/gleichstellung

unil.ch/familien

unil.ch/graduatecampus