Analyse intégrée du virome et de la réponse de l’hôte dans la myocardite à Parvovirus B19

Analyse intégrée du virome et de la réponse de l’hôte dans la myocardite à Parvovirus B19 chez l’enfant

Lieu du stage : Plateforme GenEPII (Hospices Civils de Lyon) – Laboratoire de Virologie au Grioupement Hospitalier Nord

Équipe de recherche : Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), INSERM U1111 - CNRS UMR 5308, Virpath Team (Virologie et Pathologie Humaine)

Description du stage :
Ces dernières années ont été marquées par une circulation accrue du Parvovirus B19 (B19V) en Europe. Ce virus à ADN est responsable le plus souvent d’infections bénignes, mais peut être à l’origine de formes sévères chez certaines populations à risque, notamment les femmes enceintes, les patients immunodéprimés et les jeunes enfants.
Chez l’enfant, le Parvovirus B19 constitue un agent important de myocardite virale, une complication rare mais potentiellement grave pouvant conduire à une insuffisance cardiaque sévère et, dans certains cas, à la transplantation cardiaque. Le diagnostic de certitude d’une myocardite à B19V repose actuellement sur des approches invasives, notamment la réalisation de biopsies cardiaques. La détection de l’ADN viral dans le sang constitue quant à elle un élément d’orientation, mais ne permet pas toujours de distinguer une infection active d’une simple présence ou persistance du génome viral.
Dans ce contexte, le projet CAPUCINE vise à décrire de potentiels marqueurs sanguins non invasifs diagnostiques, pronostiques et potentiellement thérapeutiques de la myocardite à Parvovirus B19 chez l’enfant.
Le projet repose sur l’utilisation de technologies de séquençage à haut débit permettant d’explorer simultanément plusieurs dimensions de l’infection. L’analyse du virome plasmatique permettra notamment d’étudier l’ensemble des virus présents, potentiellement en co-infection avec le Parvovirus B19, et potentiellement actifs dans le sang. L’étude du génome du Parvovirus B19 permettra de caractériser les populations virales présentes chez les patients et d’identifier si certaines mutations sont associées à une atteinte du myocarde.

Enfin, le dosage de cytokines inflammatoires plasmatiques permettra d’explorer la réponse de l’organisme à l’infection et au traitement.
L’intégration de ces différentes données permettra ainsi d’explorer, dans cette étude faisant était de preuve de concept, les interactions entre virus, réponse de l’hôte et évolution clinique des enfants atteints de myocardite à Parvovirus B19.

Objectif du stage :
Le stage aura pour objectif de développer et appliquer une approche bioinformatique intégrée permettant de décrire le virome, et caractériser les signatures virales associées à la myocardite à Parvovirus B19.
Missions :
Le(la) stagiaire aura pour missions :
Analyser le virome plasmatique afin d’identifier les différents virus présents dans les échantillons et de caractériser leur abondance et leur dynamique au cours du temps
Caractériser la diversité génétique du Parvovirus B19 et identifier les variations présentes au sein des populations virales
Réaliser des analyses statistiques afin d’identifier des marqueurs associés au diagnostic, à la sévérité et à l’évolution de la maladie
Comparer les signatures moléculaires entre les enfants présentant une myocardite à Parvovirus B19, les enfants présentant une myocardite non liée au B19V et les enfants sains Participer à l’interprétation informatique et biologique des résultats en lien avec les chercheurs, bioinformaticiens et cliniciens impliqués dans le projet Documenter les analyses et contribuer à la mise en place d’un workflow reproductible pouvant être réutilisé pour l’analyse de nouvelles cohortes.

Perspectives…